بعد ترقب طويل دام عدة سنوات، صدر ظهير شريف (رقم 1.15.71 الصادر في 7 رمضان الموافق لـ 24 يونيو 2015) الخاص بإعادة تنظيم جامعة القرويين ليضعها تحت وصاية وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، حيث نصت المادة الثالثة من الظهير على أن جامعة القرويين توضع تحت رئاسة الملك وتخضع لوصاية الدولة التي يمارسها وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية.
وقد أصبح وزير الأوقاف، يرأس مجلس الجامعة بمقتضى هذا الظهير الجديد؛ كما حدد الظهير الجديد المؤسسات التابعة لجامعة القرويين في دار الحديث الحسنية بالرباط ومعهد محمد السادس للقراءات والدراسات القرآنية بالرباط ومعهد محمد السادس لتكوين الأئمة والمرشدين والمرشدات بالرباط والمعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب بالرباط ومعهد الفكر والحضارة الإسلامية بالدار البيضاء وجامع القرويين للتعليم النهائي العتيق بفاس.
أما مقر رئاسة هذه الجامعة فقد احتفظ به في فاس. وقد نص الظهير الشريف كذلك على أن رئيس الجامعة يعين بخلاف باقي رؤساء الجامعات بظهير شريف لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة.
وتجدر الإشارة إلى أن صدور هذا الظهير وتحديده للائحة المؤسسات التابعة لجامعة القرويين وفق هذا التنظيم الجديد جعل أساتذة وأطر مؤسسات من قبيل كلية الشريعة بآيت ملول وكلية اللغة العربية بمراكش وكلية أصول الدين بتطوان تتساءل عن مصيرها الذي قد يجعلها تندمج في جامعة ابن زهر وجامعة القاضي عياض وجامعة عبد الملك السعدي على التوالي.