رغم انتهاء فترة الحرب الباردة وأفول نجم الايدولوجيا الاشتراكية، فقد استمرت جبهة البوليساريو باستغلال الإطار الإيديولوجي السابق في إذكاء النزاع في قضية الصحراء المغربية بالاعتماد على الدبلوماسية الجزائرية التي وفرت لها الغطاء الدولي إلى جانب اليمين الاسباني واليسار الراديكالي الأوروبي والجماعات المعادية للمغرب، وذلك من أجل عدم فضح وكشف الخروقات الجسيمة لحقوق الإنسان والكرامة الإنسانية التي ارتكبها قادة عصابة الرابوني في حق المحتجزين بمخيمات تندوف …كما وفرت لهم القنوات الدبلوماسية لتصريف خطاب الانفصال وعرقلة كل الجهود لتسوية الملف في مواجهة خطاب الوحدة الذي تدعو له المملكة المغربية من خلال مقترح الحكم الذاتي.
في تقرير أعده الصحفي فرنسوا سودون ونشرته مجلة لجون أفريك تحت عنوان ” مالي /ارتباطات البوليساريو ” يتحدث فيه عن أن مخيمات الاحتجاز بتندوف أصبحت منذ سنة 1990 محضنا للتطرف الديني وأفكار السلفية الجهادية، وذلك كردة فعل على سياسة القمع التي اتبعتها قيادة البوليساريو، وكذلك كنتيجة طبيعية لتأثير تطورات الوضع الداخلي الجزائري على شباب المخيمات الذين كان العديد منهم يدرس بالجامعات الجزائرية وتأثر بفكر جبهة الإنقاذ الإسلامية الجزائرية والتيارات السلفية، ونفس الأمر بالنسبة للطلبة الصحراويين الذين كانوا يدرسون بالمعهد الإسلامي الذي كان يعمل على نشر الفكر الوهابي وتم إغلاقه سنة 2003 من قبل السلطات الموريتانية.
حيث أصبحت حسب سودون ثلاثة مساجد تم تأسيسها في نهاية التسعينيات مجالا خصبا لاستقطاب الشباب ونشر الفكر الجهادي والسلفي المتطرف، وهي كالتالي مسجد عمر بن الخطاب بمخيمات السمارة ومسجد أبو بكر بمخيمات أوسرد ومسجد الكتاب والسنة بمخيمات العيون هذا الأخير الذي اعتبر نقطة استقطاب أساسية للعناصر الجهادية حيث كان ينشط به كل من محمد سالم الهبيشي وأبا ولد صالح المعروف بأبو سليمان.
وأول محاولة قامت بها خلية جهادية تأسست بمخيمات تندوف تمت سنة 2003، عندما حاولوا سرقة متفجرات من مخازن سلاح الجيش الموريتاني بنواذيبو، حيث اعتقلت الشرطة الموريتانية أفراد المجموعة الذين كان من بينهم بابا ولد محمد باخيلي وهو جندي سابق في مليشيات البوليساريو.
وتوالت العلاقات بين البوليساريو والتنظيمات الإرهابية في إطار تجارة خطف الرهائن الأجانب في المنطقة الذين تعرض بعضهم للخطف من داخل مخيمات تندوف بالرغم من عملهم في إطار المساعدات الإنسانية للمحتجزين في المخيمات، وتعاونهم الوثيق مع الجماعات الإرهابية في شمال مالي بعد الأزمة التي عرفتها منطقة الأزواد في 2011 حسب عدد من التقارير الدولية.
هذا عدا العلاقات التي تربط قيادات البوليساريو بالعصابات الإجرامية و منظمات الجريمة المنظمة العبر وطنية في منطقة الساحل وجنوب الصحراء، وتورط عد من قيادات البوليساريو في تجارة المخدرات والتهريب و تجارة السلاح في المنطقة وهذا تؤكده الأحداث التي جرت سنة 2011 حين اندلعت المناوشات بين عصابتين أغلب أعضائها من الطوارق لتهريب المخدرات، إحداهما من النيجر وأخرى من مالي مع مليشيات البوليساريو وأشارت الأصابع بالاتهام للمسمى حرطاني ولد زويدة قائد المنطقة العسكرية الأولى للبوليساريو والمقرب من محمد عبدالعزيز الذي اتهم بسرقة 1.3 طن من المخدرات وبيعها لحسابه.